しばらく考えていたら理由が分かった。マーケットスピードおよび楽天RSSは、
VWAP = 売買代金 ÷ 出来高
の式により、VWAP を導出しているらしい。そしてそのソースとなる売買代金は表示が千円単位であるが、内部でも千円単位で持っているようだ。したがって売買代金の小さな銘柄だと、誤差が出る。
東京カソードの場合も2010年4月9日の売買代金は 2,496,400円であるが、マーケットスピードと楽天RSSは内部で 2,496千円として持っていて、400円の誤差を持っている。それをそのまま上記のような計算式に使うから VWAP に誤差が出るんだ。