Eclipse の「外部 JAR の追加」と「JAR の追加」

Eclipse 3.2.1 を使っているのだが、jar ファイルを「外部 JAR の追加」で追加すれば動くのだが、「JAR の追加」で追加すると動かないという現象が起きて悩んでいる。実行ができないのだ。どっちもコンパイルはできる。
なにが違うの？